Ganz doofe Frage: Wie sieht denn die CPU-Auslastung bzw der Load aus? Hatte kürzlich einen winzigen Prozess, der per anacron regelmäßig ausgeführt wurde, aber unter bestimmten Umständen Amok gelaufen ist. RAM-Auslastung war dabei nicht wesentlich höher, aber der Load war weit über dem Durchschnitt.
Das habe ich neben der langsamen Reaktion des Systems auch daran gemerkt, dass der Lüfter durchgehend gelaufen ist.