Einfach abmelden aus der User-X-Session geht auch. Dann weiter:
Strg+Alt+F1
ein ziemlich schwarzer Bildschirm sollte erscheinen, dann
als root anmelden und
apt-get update
apt-get dist-upgrade
# Kommentar: hier könnte man noch viel testen vor dem Reboot
shutdown -r now
Ein init 3 ist im strengen Sinne gar nicht nötig, weil der Kdm oder Gdm auf der VT7 ruhig abstürzen kann, du bist ja auf console-1. Hauptsache dein DU stürzt nicht mittendrin ab.