/var/log/apt/history.log sollte dir sagen was APT so getan hat, eventuell findest du dort auch smxis Aufruf von APT um GNOME zu installieren… Du kannst dann theoretisch die Operation mehr oder minder umdrehen…
(Ich tippe mal drauf, dass smxi nicht nur gnome installiert sondern auch ein paar andere Metapakete, sodass das mit dem autoremove zwar theoretisch funktioniert, aber eben nur wenn du die manuell installierten vorher auch entfernst -- aber immer dran denken, autoremove kann auch zu gierig sein beim entfernen! Aufpassen ist daher Pflicht)
Was towo's Dampfhammermethode betrifft: apt-get purge .*gnome.* sollte den selben Effekt haben…