Natürlich kann man "alles" löschen.
Üblicherweise ist der Weg jedoch, dass man mit
grub-mkconfig
erst mal schaut, wie denn das Menü aussieht. Wenn es einem passt, dann erst wird es mit
grub-mkconfig -o /boot/grub/grub.cfg
auf die Platte geschrieben (und damit, was du löschen willst, überschrieben).
Das update-grub macht das zwar auch, nur "sieht" man hier nicht alles.