Kannst Du solche Tools nicht einfach über eine KDE-Session starten lassen? Also bspw. das Session-Management auf manuell setzen, einmal alles so öffnen, wie man es beim Start haben will und diesen Stand dann als Session speichern.
Wobei die Frage ist, ob das in diesem Fall mit der Möglichkeit des Entfernens der Autostart-Datei nicht einfacher zu beheben war als in einer fest konfigurierten Session ein Problem zu haben...