Vielleicht wird es klarer wenn Du dir mit 'ls -l /' anguckst worauf die verlinkt sind (es sind nur Links, die nehmen keinen Platz weg). Bei nur einem Kernel werden jetzt sowohl die initrd.img und die initrd.img.old beies Links zu /boot/initrd.img-5.irgend.was sein. Kommt z.B per automatischem Update ein neuer Kernel, weist initrd.img.old immer noch auf den jetzigen und initrd.img auf den neuen.
Der Platzhalter wird mit entfernen des vorletzten Kernels nicht gelöscht, weil das System ja nicht weiss von wem oder was die Datei vielleicht noch verwendet wird.
Nur mal angenommen, jemand hat ein Multibootsystem mit mehreren Distros, wäre es intelligent sich ein Grub zu bauen, dessen Menü Distro1-neuester-Kernel, Distro1-letzter-Kernel, Distro2-neuester-Kernel, Distro2-letzter-Kernel usw anzeigt. Dort werden dann immer nur die /initrd und /initrd.old eingetragen, und mann muss sich nie darum kümmern wie viele Kernel tatsächlich und mit welcher genauen Bezeichnung installiert sind. Würden die .old-Dateien gelöscht, wäre damit das Grub-Menü dieses System kaputt. (Das ist nur ein Beispiel, es gibt mehrere Anwendungsszenarien wo Automatismen und Helferskripte mit diesem Konstrukt auf neuestem+vorletztem Kernel arbeiten können, ohne dessen genaue Version kennen zu müssen).
Es steht Dir als Systemadministrator aber natürlich frei, die .old-Dateien einfach zu löschen...