Verlieren wirst du deine home partiton nur wenn du sie aktiv zum überschreiben freigibst.
Hier wurde schon ein bischen zum thema diskutiert.
Was auf dem home willst du "schützen"?
"Nur" deine daten oder auch die konfigurationen?
Die siduction empfehlung geht ganz klar dahin (wie das allerdings auch schon bei sidux/aptosid der fall war) das home *neu* anzulegen und zwecks sauberem neuinstall die alten konfigurationen zu verwerfen. Das ist im sinne der supportbarkeit auch wünschenswert bis notwendig. Bei einem distributionswechsel wäre das sicher der zu bevorzugende weg.
Persönliche daten, videos, musik, fotosammlung sollen per symlink ins userhome eingeklinkt werden, dann ist das bei notwendigen neuinstallationen einfacher die konfigs wegzuschmeissen.