Vieles. Alles hier in diesem Forum erörtert. Die NotShowIn/OnlyShowIn-Problematik hast Du schon angesprochen, wenn es gut umgesetzt ist, hast Du trotzdem allgemeine Tools, die die Menüs zusiffen, da sie nicht auf die Oberfläche spezialisiert sind. Auf das Problem vor/mit der Oberfläche gestarteter Daemons aus ~/.config/autostart und /etc/xdg/autostart muss ich nicht weiter eingehen, kann man wahrscheinlich (hoffentlich) selektiv abschalten, siehe Not/Only.
Meine Empfehlung - wohlgemerkt Empfehlung - sind separate Installationen, dann muss man halt im Bootmanager auswählen, was man sehen will und nicht erst beim Login. Ist einfach sauberer und hat halt weniger Fallstricke parat. Und Du hast recht, es ist Linux, jeder kann damit genau damit das tun, was er will, wenn er denn kann. Downside: Viele Supporter, darunter auch ich, bekommen ein fettes breites Grinsen im Gesicht, sagen bei Problemen "Viel Spass bei der Erarbeitung einer Lösung!" und sind verschwunden. Aber da muss man dann selbst entscheiden, ob man das will.
Einen hab ich noch vergessen: Mehrere möglichst komplexe Oberflächen in einer Installation erhöhen das Risiko von kollidierenden Paketen, Settings und Upgrades ganz enorm. Aber auch das soll jeder für sich entscheiden.