jetzt hab ich begriffen - sorry für die lange Leitung - wir reden über cinnamon ...
Sei's drum, sollte theoretisch funktionieren, aber da sich da sowieso sehr viel geändert hat, müssen wir für das neue Release eh noch mal komplett über die Settings gehen - cinnamon war und ist manchmal ein wenig sensibel, was seine Umgebung angeht. Eventuell gibt es da was zu fixen, ich schau da auch noch mal genau drüber. Kann aber noch dauern, das Flavour ist bei der Überarbeitung noch nicht an der Reihe.
EDIT: Wenn wirklich nichts anderes mehr hilft: Desktopfile in ~/.config/autostart anlegen und damit den gewünschten setxkb ausführen lassen