Es gibt leider noch einen alten Fehler in der Kombination clipman und mousepad.
apt-cache policy mousepad
mousepad:
Installiert: 0.2.16-5
apt-cache policy xfce4-clipman
xfce4-clipman:
Installiert: 2:1.2.2-1
Bug#568759: when clipboard manager is running, mousepad takes a long time to quit
Meine Lösung war das entfernen von xfce4-clipman und xfce4-clipman-plugin.
Mit den Alternativen parcellite oder clipit geht's ohne Probleme mit mousepad.