So ich schalte mich mal selbst ein, da ich "derjenige" bin
Der WLAN-Stick (ein Sitecom N300) ist 100% ok, er funktioniert unter allen anderen stabilen Arch- oder Debian-basierten Distros problemlos. Das WPA-Passwort ist ebenfalls zu 100% korrekt, Probleme mit falscher Tastaturbelegung o.ä. sind zu 100% auszuschließen.
Der Bug liegt entweder im NetworkManager selbst oder einem von ihm gestarteten Programm oder daran, dass das Modul rt2800usb beim Kernel 4.9 doch nicht richtig funktioniert oder einer sonstigen Nickeligkeit dieses Kernels oder etwas völlig unerwartetem. Da ich wie schon erwähnt alle WLANs sehen kann, halte ich es für unwahrscheinlich, dass das Modul rt2800usb schuld ist. Auch der NetworkManager erscheint mir als Ursache unwahrscheinlich, da eine Kabelverbindung problemlos funktioniert.