rm -r /run ist nicht das Allheilmittel, kommt einem solchen in der Tat aber schon recht nahe. Das ist Linux (Unix). Wenn was da ist, wird auch versucht werden, es zu benutzen. Erst wenn es nicht da ist, wird es auch nicht benutzt. In anderen Worten: Die Chance, dass nicht alle Pakete schon vollständig mit der neuen Situation umgehen können, ist hoch. Wer Spass in den Backen hat, könnte ja mal versuchen, was passiert, wenn man das wirklich als temporäres Filesystem einbindet und an geeigneter Stelle Bericht erstatten.
Andererseits funktioniert das doch schon ganz gut - nicht mal massig und ordentlich Kernelpanic.