Das ist einer der Punkte, die in KDE3 defintiv besser waren, das freie Positionieren von Dingen im Panel. In KDE4 ist halt irgendwie die linke Panelseite "magnetisch"... Aber ich finde, mit Abstandshaltern läßt sich das ganz gut regeln.
Eine Gruppierungs-Alternative sind vielleicht "Schubladen" im Panel, die bei Klick ausklappen? Eigene Menüs also. Das geht entweder mit dem Regal-Widget, der Ordneransicht oder, was ich bevorzuge, dem quickaccess-widget (nicht enthalten).
Eine weitere Alternative wäre vielleicht auch das Schnellstarter-Widget. Du kannst davon mehrere im Panel haben und damit die Icons wunderbar gruppieren, einzeilig oder zweizeilig. Aber auch da wirst du zwischen den Schnellstarter-Widgets Abstandshalter brauchen.
Was stört dich denn an den Abstandshaltern? Die sind doch recht flexibel (oder halt fest, je nach Einstellungen).