zu B) Welchen Browser verwendest du?
zu A) Was für Programm-Popups meinst du? Und diese Popups klauen dir dann für z.B. Gimp den Fokus?
Da du nicht dazugeschrieben hast, welche Oberfläche du verwendest, gehe ich mal von KDE aus. Dann könntest du es mal über die Systemeinstellungen - Fensterverhalten mit einer anderen Einstellung für "Verhindern unerwünschter Aktivierung" versuchen und das höher setzen. Oder wenn es nur wenige bestimmte Programm-Popups sind, kann man denen auch mit spezifischen Fensterregeln für genau diese Popups Herr werden, so dass sie sich beim Aufgehen nicht aktivieren.
Oder wird dir ständig beim Arbeiten der Fokus geklaut? Dann kann es ein Plasma-Problem sein. Wenn die Änderung des Fensterverhaltens nichts bringt (oder nicht gewünscht ist), hilft in solchen Fällen eine Fensterregel für "plasma"
https://bugs.kde.org/show_bug.cgi?id=318350.