Hallo,
seit meinem letzten Upgrade vor einer Woche, Di. 08.01 oder Mi. 09.01, lädt der Display-Manager nicht mehr. Somit komme ich nicht auf eine Grafische-Oberfläche.
Probleme bereiten seit dem
dist-upgrade die Pakete, bzw. Bibliotheken
- libopenmpi3
- openmpi-common
Beide bleiben auf der Version
3.1.3-5 hängen, obwohl Version
3.1.3-9 verfügbar ist. Dadurch ergibt sich ein Abhängigkeitsproblem mit anderen Paketen, die die neuere Version voraussetzen.
apt-get dist-upgrade
Paketlisten werden gelesen...
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut....
Statusinformationen werden eingelesen....
Probieren Sie »apt --fix-broken install«, um dies zu korrigieren.
Die folgenden Pakete haben unerfüllte Abhängigkeiten:
libopenmpi-dev : Hängt ab von: libopenmpi3 (= 3.1.3-9) aber 3.1.3-5 ist installiert
Hängt ab von: openmpi-common (>= 3.1.3-9) aber 3.1.3-5 ist installiert
openmpi-bin : Hängt ab von: openmpi-common (>= 3.1.3-9) aber 3.1.3-5 ist installiert
Mit dem empfohlenen ,,apt --fix-broken install", werden zwar die Pakete in der neuen Version heruntergeladen und versucht zu installieren. Doch dabei gibt es immer den selben Fehler.
apt --fix-broken install
Paketlisten werden gelesen...
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut....
Statusinformationen werden eingelesen....
Abhängigkeiten werden korrigiert ... Fertig
Die folgenden Pakete wurden automatisch installiert und werden nicht mehr benötigt:
libglew2.0 libhttp-parser2.8 libhunspell-1.6-0 libicu-le-hb0 libicu60
liblouis16 liblvm2app2.2 liblvm2cmd2.02 libntfs-3g88 libopencv-core3.2
libopencv-imgproc3.2 liborcus-0.13-0 libplacebo6 libtbb2
libwayland-egl1-mesa node-pseudomap xfce4-mount-plugin
Verwenden Sie »apt autoremove«, um sie zu entfernen.
Die folgenden zusätzlichen Pakete werden installiert:
libopenmpi3 openmpi-common
Die folgenden Pakete werden aktualisiert (Upgrade):
libopenmpi3 openmpi-common
2 aktualisiert, 0 neu installiert, 0 zu entfernen und 180 nicht aktualisiert.
651 nicht vollständig installiert oder entfernt.
Es müssen noch 0 B von 2.338 kB an Archiven heruntergeladen werden.
Nach dieser Operation werden 16,4 kB Plattenplatz freigegeben.
Möchten Sie fortfahren? [J/n]
Genauso wie mit
,,apt-get dist-upgrade" oder
apt-get install openmpi-common=3.1.3-9 libopenmpi3=3.1.3-9
Meiner Meinung nach, ist es genau der gleiche Fehler wie bei dem Debian Bug #916890: https://www.mail-archive.com/debian-bugs-dist@lists.debian.org/msg1653733.html
Fehlerausgabe:
apt-get install -y openmpi-common=3.1.3-9 libopenmpi3=3.1.3-9
Paketlisten werden gelesen...
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut....
Statusinformationen werden eingelesen....
Die folgenden Pakete wurden automatisch installiert und werden nicht mehr benötigt:
libglew2.0 libhttp-parser2.8 libhunspell-1.6-0 libicu-le-hb0 libicu60
liblouis16 liblvm2app2.2 liblvm2cmd2.02 libntfs-3g88 libopencv-core3.2
libopencv-imgproc3.2 liborcus-0.13-0 libplacebo6 libtbb2
libwayland-egl1-mesa node-pseudomap xfce4-mount-plugin
Verwenden Sie »apt autoremove«, um sie zu entfernen.
Die folgenden Pakete werden aktualisiert (Upgrade):
libopenmpi3 openmpi-common
2 aktualisiert, 0 neu installiert, 0 zu entfernen und 239 nicht aktualisiert.
651 nicht vollständig installiert oder entfernt.
Es müssen 2.338 kB an Archiven heruntergeladen werden.
Nach dieser Operation werden 16,4 kB Plattenplatz freigegeben.
Holen:1 http://ftp2.de.debian.org/debian unstable/main amd64 libopenmpi3 amd64 3.1.3-9 [2.174 kB]
Holen:2 http://ftp2.de.debian.org/debian unstable/main amd64 openmpi-common all 3.1.3-9 [165 kB]
apt-listchanges: Changelogs werden gelesen...
Es wurden 2.338 kB in 9 s geholt (256 kB/s).
(Lese Datenbank ...
(Lese Datenbank ... 5%
(Lese Datenbank ... 10%
(Lese Datenbank ... 15%
(Lese Datenbank ... 20%
(Lese Datenbank ... 25%
(Lese Datenbank ... 30%
(Lese Datenbank ... 35%
(Lese Datenbank ... 40%
(Lese Datenbank ... 45%
(Lese Datenbank ... 50%
(Lese Datenbank ... 55%
(Lese Datenbank ... 60%
(Lese Datenbank ... 65%
(Lese Datenbank ... 70%
(Lese Datenbank ... 75%
(Lese Datenbank ... 80%
(Lese Datenbank ... 85%
(Lese Datenbank ... 90%
(Lese Datenbank ... 95%
(Lese Datenbank ... 100%
(Lese Datenbank ... 385166 Dateien und Verzeichnisse sind derzeit installiert.)
Vorbereitung zum Entpacken von .../libopenmpi3_3.1.3-9_amd64.deb ...
Entpacken von libopenmpi3:amd64 (3.1.3-9) über (3.1.3-5) ...
rm: das Entfernen von '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/fortran/gfortran-8#' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
rm: das Entfernen von 'End' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
rm: das Entfernen von 'automatically' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
rm: das Entfernen von 'added' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
rm: das Entfernen von 'section' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
dpkg: Warnung: »altes libopenmpi3:amd64-Skript des Paketes post-removal«-Unterprozess gab den Fehlerwert 1 zurück
dpkg: stattdessen wird Skript aus dem neuen Paket probiert ...
dpkg: Fehler beim Bearbeiten des Archivs /var/cache/apt/archives/libopenmpi3_3.1.3-9_amd64.deb (--unpack):
Es gibt kein Skript in der neuen Version des Paketes - Abbruch
Vorbereitung zum Entpacken von .../openmpi-common_3.1.3-9_all.deb ...
Entpacken von openmpi-common (3.1.3-9) über (3.1.3-5) ...
rm: das Entfernen von '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/fortran/gfortran-8#' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
rm: das Entfernen von 'End' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
rm: das Entfernen von 'automatically' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
rm: das Entfernen von 'added' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
rm: das Entfernen von 'section' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
dpkg: Warnung: »altes openmpi-common-Skript des Paketes post-removal«-Unterprozess gab den Fehlerwert 1 zurück
dpkg: stattdessen wird Skript aus dem neuen Paket probiert ...
dpkg: Fehler beim Bearbeiten des Archivs /var/cache/apt/archives/openmpi-common_3.1.3-9_all.deb (--unpack):
Es gibt kein Skript in der neuen Version des Paketes - Abbruch
Fehler traten auf beim Bearbeiten von:
/var/cache/apt/archives/libopenmpi3_3.1.3-9_amd64.deb
/var/cache/apt/archives/openmpi-common_3.1.3-9_all.deb
Die Versuche mit
apt-get install libopenmpi3=3.1.3-9 openmpi-common=3.1.3-9
und
apt-get --reinstall install libopenmpi3=3.1.3-9 openmpi-common=3.1.3-9
scheiterten jedes mal.
Was kann ich tun um dies zu beheben?
Mit Dank im voraus für die Hilfe und Unterstützung.
Den Output von
apt policy
bitte
libopenmpi3:
Installiert: 3.1.3-5
Installationskandidat: 3.1.3-9
Versionstabelle:
3.1.3-9 500
500 http://ftp2.de.debian.org/debian unstable/main amd64 Packages
*** 3.1.3-5 100
100 /var/lib/dpkg/status
openmpi-common:
Installiert: 3.1.3-5
Installationskandidat: 3.1.3-9
Versionstabelle:
3.1.3-9 500
500 http://ftp2.de.debian.org/debian unstable/main amd64 Packages
*** 3.1.3-5 100
100 /var/lib/dpkg/status
Und zusätzlich noch openmpi-bin und libopenmpi-dev:
openmpi-bin:
Installiert: 3.1.3-9
Installationskandidat: 3.1.3-9
Versionstabelle:
*** 3.1.3-9 500
500 http://ftp2.de.debian.org/debian unstable/main amd64 Packages
100 /var/lib/dpkg/status
libopenmpi-dev:
Installiert: 3.1.3-9
Installationskandidat: 3.1.3-9
Versionstabelle:
*** 3.1.3-9 500
500 http://ftp2.de.debian.org/debian unstable/main amd64 Packages
100 /var/lib/dpkg/status
Das war nicht, was ich sehen wollte, sondern genau den Output von apt policy, ohne irgendein Paket!
Und weiter,
Zitat651 nicht vollständig installiert oder entfernt.
klingt nach unterprochenem d-u, oder install, mit reboot dazwischen.
Da würde ich erstmal ein dpkg -a empfehlen.
apt policy
Paketdateien:
100 /var/lib/dpkg/status
release a=now
500 http://ftp.uni-stuttgart.de/siduction/fixes unstable/contrib amd64 Packages
release o=Siduction,a=unstable,n=unstable,c=contrib,b=amd64
origin ftp.uni-stuttgart.de
500 http://ftp.uni-stuttgart.de/siduction/fixes unstable/main amd64 Packages
release o=Siduction,a=unstable,n=unstable,c=main,b=amd64
origin ftp.uni-stuttgart.de
500 http://ftp.uni-stuttgart.de/siduction/extra unstable/main amd64 Packages
release o=Siduction,n=unstable,c=main,b=amd64
origin ftp.uni-stuttgart.de
500 http://ftp2.de.debian.org/debian unstable/non-free amd64 Packages
release o=Debian,a=unstable,n=sid,l=Debian,c=non-free,b=amd64
origin ftp2.de.debian.org
500 http://ftp2.de.debian.org/debian unstable/contrib amd64 Packages
release o=Debian,a=unstable,n=sid,l=Debian,c=contrib,b=amd64
origin ftp2.de.debian.org
500 http://ftp2.de.debian.org/debian unstable/main amd64 Packages
release o=Debian,a=unstable,n=sid,l=Debian,c=main,b=amd64
origin ftp2.de.debian.org
Mit Pinning verwaltete Pakete:
Das Upgrade ist bis zum Ende durchgelaufen. Ich war allerdings nicht die ganze ZEit dabei. Nach dem Upgrade im tty1 habe ich einen Neustart gemacht. Seit dem 1. Hochfahren nach dem Upgrade hängt es im tty7 und der Display-Manager wird nicht geladen.
Seitdem probiere ich den Fehler über das tty1 zu lösen.
Zitat651 nicht vollständig installiert oder entfernt.
Sagt etwas Anderes!
dpkg -a
ist das Mittel der Wahl.
Dann kann auch apt weiter machen, natürlich dann erst nach einem apt update.
Ich sehe und habe es auch gesehen, das es 651 nicht vollständig installierte oder entfernte Pakete gibt.
Ich wusste nicht, ob es von dem dist-upgrade kommt, nach dem der Fehler aufgetaucht ist oder von dist-upgrade-Versuchen danach kommt.
dpkg -a gibt zurück, dass weitere Aktionen/Optionen fehlen.
O.k., mit
dpkg --configure -a
konnte ich den Upgradeprozess weiterführen. Vielen Dank für deinen Hinweis. Der Displaymanager lädt nun auch. Ich komme nun also wieder auf die GUI. :)
Dennoch besteht das Problem mit libopenmpi3 und openmpi-common.
apt-get --fix-broken install -y
Paketlisten werden gelesen...
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut....
Statusinformationen werden eingelesen....
Abhängigkeiten werden korrigiert ... Fertig
Die folgenden Pakete wurden automatisch installiert und werden nicht mehr benötigt:
libglew2.0 libhttp-parser2.8 libhunspell-1.6-0 libicu-le-hb0 libicu60
liblouis16 liblvm2app2.2 liblvm2cmd2.02 libntfs-3g88 libopencv-core3.2
libopencv-imgproc3.2 liborcus-0.13-0 libplacebo6 libtbb2
libwayland-egl1-mesa linux-headers-4.19.6-towo.1-siduction-amd64
linux-image-4.19.6-towo.1-siduction-amd64 node-pseudomap xfce4-mount-plugin
Verwenden Sie »apt autoremove«, um sie zu entfernen.
Die folgenden zusätzlichen Pakete werden installiert:
libopenmpi3 openmpi-common
Die folgenden Pakete werden aktualisiert (Upgrade):
libopenmpi3 openmpi-common
2 aktualisiert, 0 neu installiert, 0 zu entfernen und 239 nicht aktualisiert.
2 nicht vollständig installiert oder entfernt.
Es müssen 2.338 kB an Archiven heruntergeladen werden.
Nach dieser Operation werden 16,4 kB Plattenplatz freigegeben.
Holen:1 http://ftp2.de.debian.org/debian unstable/main amd64 libopenmpi3 amd64 3.1.3-9 [2.174 kB]
Holen:2 http://ftp2.de.debian.org/debian unstable/main amd64 openmpi-common all 3.1.3-9 [165 kB]
apt-listchanges: Changelogs werden gelesen...
Es wurden 2.338 kB in 6 s geholt (409 kB/s).
(Lese Datenbank ...
(Lese Datenbank ... 5%
(Lese Datenbank ... 10%
(Lese Datenbank ... 15%
(Lese Datenbank ... 20%
(Lese Datenbank ... 25%
(Lese Datenbank ... 30%
(Lese Datenbank ... 35%
(Lese Datenbank ... 40%
(Lese Datenbank ... 45%
(Lese Datenbank ... 50%
(Lese Datenbank ... 55%
(Lese Datenbank ... 60%
(Lese Datenbank ... 65%
(Lese Datenbank ... 70%
(Lese Datenbank ... 75%
(Lese Datenbank ... 80%
(Lese Datenbank ... 85%
(Lese Datenbank ... 90%
(Lese Datenbank ... 95%
(Lese Datenbank ... 100%
(Lese Datenbank ... 385166 Dateien und Verzeichnisse sind derzeit installiert.)
Vorbereitung zum Entpacken von .../libopenmpi3_3.1.3-9_amd64.deb ...
Entpacken von libopenmpi3:amd64 (3.1.3-9) über (3.1.3-5) ...
rm: das Entfernen von '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/fortran/gfortran-8#' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
rm: das Entfernen von 'End' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
rm: das Entfernen von 'automatically' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
rm: das Entfernen von 'added' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
rm: das Entfernen von 'section' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
dpkg: Warnung: »altes libopenmpi3:amd64-Skript des Paketes post-removal«-Unterprozess gab den Fehlerwert 1 zurück
dpkg: stattdessen wird Skript aus dem neuen Paket probiert ...
dpkg: Fehler beim Bearbeiten des Archivs /var/cache/apt/archives/libopenmpi3_3.1.3-9_amd64.deb (--unpack):
Es gibt kein Skript in der neuen Version des Paketes - Abbruch
Vorbereitung zum Entpacken von .../openmpi-common_3.1.3-9_all.deb ...
Entpacken von openmpi-common (3.1.3-9) über (3.1.3-5) ...
rm: das Entfernen von '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/fortran/gfortran-8#' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
rm: das Entfernen von 'End' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
rm: das Entfernen von 'automatically' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
rm: das Entfernen von 'added' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
rm: das Entfernen von 'section' ist nicht möglich: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
dpkg: Warnung: »altes openmpi-common-Skript des Paketes post-removal«-Unterprozess gab den Fehlerwert 1 zurück
dpkg: stattdessen wird Skript aus dem neuen Paket probiert ...
dpkg: Fehler beim Bearbeiten des Archivs /var/cache/apt/archives/openmpi-common_3.1.3-9_all.deb (--unpack):
Es gibt kein Skript in der neuen Version des Paketes - Abbruch
Fehler traten auf beim Bearbeiten von:
/var/cache/apt/archives/libopenmpi3_3.1.3-9_amd64.deb
/var/cache/apt/archives/openmpi-common_3.1.3-9_all.deb
Ein
[/size]
apt-get autoremove
zum bereinigen geht auch nicht. apt-get geht wieder gar nicht, da die Fehlermeldung mit den unerfüllten Abhänigkeiten apt zum Beenden bringt
[/size]
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut.
Statusinformationen werden eingelesen.... Fertig
Probieren Sie »apt --fix-broken install«, um dies zu korrigieren.
Die folgenden Pakete haben unerfüllte Abhängigkeiten:
libopenmpi-dev : Hängt ab von: libopenmpi3 (= 3.1.3-9) aber 3.1.3-5 ist installiert
Hängt ab von: openmpi-common (>= 3.1.3-9) aber 3.1.3-5 ist installiert
openmpi-bin : Hängt ab von: openmpi-common (>= 3.1.3-9) aber 3.1.3-5 ist installiert
E: Unerfüllte Abhängigkeiten. Versuchen Sie »apt --fix-broken install« ohne Angabe eines Pakets (oder geben Sie eine Lösung an).
Die entsprechend angemeckerten Scripte in /var/lib/dpkg/info editieren, da ein
exit 0
nach
set -e
reinmalen, abspeichen und
apt -f install
oder den Mist erstmal komplett purgen.
ZitatDie entsprechend angemeckerten Scripte in /var/lib/dpkg/info editieren, da ein
exit 0
nach
set -e
reinmalen, abspeichen und
apt -f install
oder den Mist erstmal komplett purgen.
Danke für den Hinweis, wo ich die Skripte finde und wie ich diese abändern kann. Das hat funktioniert.
Ein
purge oder
remove sowie
autoremove der Pakete ging nicht. Apt hat immer wegen den Abhängigkeitsproblemen gemeckert und nichts ausgeführt.
Jetzt, nach der Änderung der beiden Skripte, sind die beiden Pakete installiert worden.
Ich weiß gar nicht, wozu OpenMPI3 installiert ist. Ist das, zusammen mit bestimmten Abhängigkeiten, standardmäßig bei Debian, bzw. Siduction installiert?
Danke für deine sehr gute und schnelle Hilfe!
Ich denke nicht, daß siduction openmpi standardmäßig installiert, das Cinnamon Flavour jedenfalls nicht.
~
towo:Defiant> apt policy openmpi-bin
openmpi-bin:
Installiert: (keine)
Installationskandidat: 3.1.3-9
Versionstabelle:
3.1.3-9 500
500 http://deb.debian.org/debian unstable/main amd64 Packages
500 http://deb.debian.org/debian testing/main amd64 Packages
This seems to be a problem with my install as well - translation function is weak here.
root@siductionbox:/home/ralph# apt full-upgrade
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
You might want to run 'apt --fix-broken install' to correct these.
The following packages have unmet dependencies:
libopenmpi-dev : Depends: libopenmpi3 (= 3.1.3-9) but 3.1.3-5 is installed
Depends: openmpi-common (>= 3.1.3-9) but 3.1.3-5 is installed
openmpi-bin : Depends: openmpi-common (>= 3.1.3-7) but 3.1.3-5 is installed
E: Unmet dependencies. Try 'apt --fix-broken install' with no packages (or specify a solution).[code]
of course "apt --fix-broken install" fails with
[code]Reading database ... 384097 files and directories currently installed.)Preparing to unpack .../libopenmpi3_3.1.3-9_amd64.deb ...
Unpacking libopenmpi3:amd64 (3.1.3-9) over (3.1.3-5) ...
rm: cannot remove '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/fortran/gfortran-8#': No such file or directory
rm: cannot remove 'End': No such file or directory
rm: cannot remove 'automatically': No such file or directory
rm: cannot remove 'added': No such file or directory
rm: cannot remove 'section': No such file or directory
dpkg: warning: old libopenmpi3:amd64 package post-removal script subprocess returned error exit status 1
dpkg: trying script from the new package instead ...
dpkg: error processing archive /var/cache/apt/archives/libopenmpi3_3.1.3-9_amd64.deb (--unpack):
there is no script in the new version of the package - giving up
Preparing to unpack .../openmpi-common_3.1.3-9_all.deb ...
Unpacking openmpi-common (3.1.3-9) over (3.1.3-5) ...
rm: cannot remove '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/fortran/gfortran-8#': No such file or directory
rm: cannot remove 'End': No such file or directory
rm: cannot remove 'automatically': No such file or directory
rm: cannot remove 'added': No such file or directory
rm: cannot remove 'section': No such file or directory
dpkg: warning: old openmpi-common package post-removal script subprocess returned error exit status 1
dpkg: trying script from the new package instead ...
dpkg: error processing archive /var/cache/apt/archives/openmpi-common_3.1.3-9_all.deb (--unpack):
there is no script in the new version of the package - giving up
Errors were encountered while processing:
/var/cache/apt/archives/libopenmpi3_3.1.3-9_amd64.deb
/var/cache/apt/archives/openmpi-common_3.1.3-9_all.deb
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)
Any attempt to 'apt remove' results in a 'missing removal script, trying new removal script - none there either' type of error, eg:
rm: cannot remove '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/fortran/gfortran-8#': No such file or directoryrm: cannot remove 'End': No such file or directory
rm: cannot remove 'automatically': No such file or directory
rm: cannot remove 'added': No such file or directory
rm: cannot remove 'section': No such file or directory
dpkg: warning: old openmpi-common package post-removal script subprocess returned error exit status 1
dpkg: trying script from the new package instead ...
dpkg: error processing archive /var/cache/apt/archives/openmpi-common_3.1.3-9_all.deb (--unpack):
there is no script in the new version of the package - giving up
Errors were encountered while processing:
/var/cache/apt/archives/libopenmpi3_3.1.3-9_amd64.deb
/var/cache/apt/archives/openmpi-common_3.1.3-9_all.deb
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)
The suggested apt autoremove and apt --fix-broken install fail similarly.
It might be time for a reinstall at any rate, but thought it worth while to check what was said.Heck, 8 years with only upgrades isn't bad.
Thanks,
Ralph
I had no problems installing it, I don't use it, so I will purge
11:53:00 AM-Fri Jan 18-[piper@x1] $ su
Password:
root@x1:/home/piper# apt install openmpi-bin
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
The following additional packages will be installed:
libcaf-openmpi-3 libcoarrays-openmpi-dev libfabric1 libhwloc-dev libhwloc-plugins libhwloc5 libibverbs-dev libnl-3-dev libnl-route-3-dev libnuma-dev
libopenmpi-dev libopenmpi3 libpmix2 libpsm-infinipath1 libpsm2-2 librdmacm1 openmpi-common
Suggested packages:
libhwloc-contrib-plugins openmpi-doc
The following NEW packages will be installed:
libcaf-openmpi-3 libcoarrays-openmpi-dev libfabric1 libhwloc-dev libhwloc-plugins libhwloc5 libibverbs-dev libnl-3-dev libnl-route-3-dev libnuma-dev
libopenmpi-dev libopenmpi3 libpmix2 libpsm-infinipath1 libpsm2-2 librdmacm1 openmpi-bin openmpi-common
0 upgraded, 18 newly installed, 0 to remove and 113 not upgraded.
1 not fully installed or removed.
Need to get 5,862 kB of archives.
After this operation, 23.6 MB of additional disk space will be used.
Do you want to continue? [Y/n] y
Get:1 http://10.10.10.3:3142/mirror.math.princeton.edu/pub/debian unstable/main amd64 libpsm-infinipath1 amd64 3.3+20.604758e7-6 [168 kB]
Get:2 http://10.10.10.3:3142/mirror.math.princeton.edu/pub/debian unstable/main amd64 libpsm2-2 amd64 11.2.68-4 [177 kB]
Get:3 http://10.10.10.3:3142/mirror.math.princeton.edu/pub/debian unstable/main amd64 librdmacm1 amd64 21.0-1 [65.0 kB]
Get:4 http://10.10.10.3:3142/mirror.math.princeton.edu/pub/debian unstable/main amd64 libfabric1 amd64 1.6.2-2 [396 kB]
Get:5 http://10.10.10.3:3142/mirror.math.princeton.edu/pub/debian unstable/main amd64 libhwloc5 amd64 1.11.12-1 [111 kB]
Get:6 http://10.10.10.3:3142/mirror.math.princeton.edu/pub/debian unstable/main amd64 libhwloc-plugins amd64 1.11.12-1 [17.3 kB]
Get:7 http://10.10.10.3:3142/mirror.math.princeton.edu/pub/debian unstable/main amd64 libpmix2 amd64 3.1.0~rc4-1 [497 kB]
Get:8 http://10.10.10.3:3142/mirror.math.princeton.edu/pub/debian unstable/main amd64 libopenmpi3 amd64 3.1.3-9 [2,174 kB]
Get:9 http://10.10.10.3:3142/mirror.math.princeton.edu/pub/debian unstable/main amd64 libcaf-openmpi-3 amd64 2.4.0-2 [35.6 kB]
Get:10 http://10.10.10.3:3142/mirror.math.princeton.edu/pub/debian unstable/main amd64 openmpi-common all 3.1.3-9 [165 kB]
Get:11 http://10.10.10.3:3142/mirror.math.princeton.edu/pub/debian unstable/main amd64 openmpi-bin amd64 3.1.3-9 [200 kB]
Get:12 http://10.10.10.3:3142/mirror.math.princeton.edu/pub/debian unstable/main amd64 libcoarrays-openmpi-dev amd64 2.4.0-2 [35.2 kB]
Get:13 http://10.10.10.3:3142/mirror.math.princeton.edu/pub/debian unstable/main amd64 libnuma-dev amd64 2.0.12-1 [39.2 kB]
Get:14 http://10.10.10.3:3142/mirror.math.princeton.edu/pub/debian unstable/main amd64 libhwloc-dev amd64 1.11.12-1 [175 kB]
Get:15 http://10.10.10.3:3142/mirror.math.princeton.edu/pub/debian unstable/main amd64 libnl-3-dev amd64 3.4.0-1 [102 kB]
Get:16 http://10.10.10.3:3142/mirror.math.princeton.edu/pub/debian unstable/main amd64 libnl-route-3-dev amd64 3.4.0-1 [177 kB]
Get:17 http://10.10.10.3:3142/mirror.math.princeton.edu/pub/debian unstable/main amd64 libibverbs-dev amd64 21.0-1 [355 kB]
Get:18 http://10.10.10.3:3142/mirror.math.princeton.edu/pub/debian unstable/main amd64 libopenmpi-dev amd64 3.1.3-9 [974 kB]
Fetched 5,862 kB in 1s (5,007 kB/s)
Selecting previously unselected package libpsm-infinipath1.
(Reading database ... 240845 files and directories currently installed.)
Preparing to unpack .../00-libpsm-infinipath1_3.3+20.604758e7-6_amd64.deb ...
Unpacking libpsm-infinipath1 (3.3+20.604758e7-6) ...
Selecting previously unselected package libpsm2-2.
Preparing to unpack .../01-libpsm2-2_11.2.68-4_amd64.deb ...
Unpacking libpsm2-2 (11.2.68-4) ...
Selecting previously unselected package librdmacm1:amd64.
Preparing to unpack .../02-librdmacm1_21.0-1_amd64.deb ...
Unpacking librdmacm1:amd64 (21.0-1) ...
Selecting previously unselected package libfabric1.
Preparing to unpack .../03-libfabric1_1.6.2-2_amd64.deb ...
Unpacking libfabric1 (1.6.2-2) ...
Selecting previously unselected package libhwloc5:amd64.
Preparing to unpack .../04-libhwloc5_1.11.12-1_amd64.deb ...
Unpacking libhwloc5:amd64 (1.11.12-1) ...
Selecting previously unselected package libhwloc-plugins:amd64.
Preparing to unpack .../05-libhwloc-plugins_1.11.12-1_amd64.deb ...
Unpacking libhwloc-plugins:amd64 (1.11.12-1) ...
Selecting previously unselected package libpmix2:amd64.
Preparing to unpack .../06-libpmix2_3.1.0~rc4-1_amd64.deb ...
Unpacking libpmix2:amd64 (3.1.0~rc4-1) ...
Selecting previously unselected package libopenmpi3:amd64.
Preparing to unpack .../07-libopenmpi3_3.1.3-9_amd64.deb ...
Unpacking libopenmpi3:amd64 (3.1.3-9) ...
Selecting previously unselected package libcaf-openmpi-3:amd64.
Preparing to unpack .../08-libcaf-openmpi-3_2.4.0-2_amd64.deb ...
Unpacking libcaf-openmpi-3:amd64 (2.4.0-2) ...
Selecting previously unselected package openmpi-common.
Preparing to unpack .../09-openmpi-common_3.1.3-9_all.deb ...
Unpacking openmpi-common (3.1.3-9) ...
Selecting previously unselected package openmpi-bin.
Preparing to unpack .../10-openmpi-bin_3.1.3-9_amd64.deb ...
Unpacking openmpi-bin (3.1.3-9) ...
Selecting previously unselected package libcoarrays-openmpi-dev:amd64.
Preparing to unpack .../11-libcoarrays-openmpi-dev_2.4.0-2_amd64.deb ...
Unpacking libcoarrays-openmpi-dev:amd64 (2.4.0-2) ...
Selecting previously unselected package libnuma-dev:amd64.
Preparing to unpack .../12-libnuma-dev_2.0.12-1_amd64.deb ...
Unpacking libnuma-dev:amd64 (2.0.12-1) ...
Selecting previously unselected package libhwloc-dev:amd64.
Preparing to unpack .../13-libhwloc-dev_1.11.12-1_amd64.deb ...
Unpacking libhwloc-dev:amd64 (1.11.12-1) ...
Selecting previously unselected package libnl-3-dev:amd64.
Preparing to unpack .../14-libnl-3-dev_3.4.0-1_amd64.deb ...
Unpacking libnl-3-dev:amd64 (3.4.0-1) ...
Selecting previously unselected package libnl-route-3-dev:amd64.
Preparing to unpack .../15-libnl-route-3-dev_3.4.0-1_amd64.deb ...
Unpacking libnl-route-3-dev:amd64 (3.4.0-1) ...
Selecting previously unselected package libibverbs-dev:amd64.
Preparing to unpack .../16-libibverbs-dev_21.0-1_amd64.deb ...
Unpacking libibverbs-dev:amd64 (21.0-1) ...
Selecting previously unselected package libopenmpi-dev:amd64.
Preparing to unpack .../17-libopenmpi-dev_3.1.3-9_amd64.deb ...
Unpacking libopenmpi-dev:amd64 (3.1.3-9) ...
Setting up libpsm2-2 (11.2.68-4) ...
Setting up libnl-3-dev:amd64 (3.4.0-1) ...
Setting up libnl-route-3-dev:amd64 (3.4.0-1) ...
Setting up librdmacm1:amd64 (21.0-1) ...
Setting up libhwloc5:amd64 (1.11.12-1) ...
Processing triggers for siduction-dynamic-dms (2016.01.31) ...
Setting up libpsm-infinipath1 (3.3+20.604758e7-6) ...
update-alternatives: using /usr/lib/libpsm1/libpsm_infinipath.so.1.16 to provide /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpsm_infinipath.so.1 (libpsm_infinipath.so.1) in auto mode
Setting up libhwloc-plugins:amd64 (1.11.12-1) ...
Setting up openmpi-common (3.1.3-9) ...
Processing triggers for libc-bin (2.28-5) ...
Processing triggers for man-db (2.8.5-1) ...
Setting up libnuma-dev:amd64 (2.0.12-1) ...
Setting up libibverbs-dev:amd64 (21.0-1) ...
Setting up libfabric1 (1.6.2-2) ...
Setting up libhwloc-dev:amd64 (1.11.12-1) ...
Setting up libpmix2:amd64 (3.1.0~rc4-1) ...
Setting up libopenmpi3:amd64 (3.1.3-9) ...
Setting up openmpi-bin (3.1.3-9) ...
update-alternatives: using /usr/bin/mpirun.openmpi to provide /usr/bin/mpirun (mpirun) in auto mode
update-alternatives: using /usr/bin/mpicc.openmpi to provide /usr/bin/mpicc (mpi) in auto mode
Setting up libcaf-openmpi-3:amd64 (2.4.0-2) ...
Setting up libopenmpi-dev:amd64 (3.1.3-9) ...
update-alternatives: using /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openmpi/include to provide /usr/include/x86_64-linux-gnu/mpi (mpi-x86_64-linux-gnu) in auto mode
Setting up libcoarrays-openmpi-dev:amd64 (2.4.0-2) ...
Processing triggers for libc-bin (2.28-5) ...
Howdy Piper:
Perhaps I misspoke - I have no need of that program and did not install it unless perhaps as part of some other thing - Brave or pdfsam perhaps?
The problem is that dist-upgrade is impossible with this broken package in it's current state. I attempted to purge each package in the list of the ones that were installed for you, and each ended with a similar message to :
The following packages have unmet dependencies:
libfabric1 : Depends: libpsm2-2 (>= 10.3-37) but it is not going to be installed
libopenmpi-dev : Depends: libopenmpi3 (= 3.1.3-9) but 3.1.3-5 is to be installed
Depends: openmpi-common (>= 3.1.3-9) but 3.1.3-5 is to be installed
libopenmpi3 : Depends: libpsm2-2 (>= 10.3-37) but it is not going to be installed
openmpi-bin : Depends: openmpi-common (>= 3.1.3-7) but 3.1.3-5 is to be installed
E: Unmet dependencies. Try 'apt --fix-broken install' with no packages (or specify a solution).
It seems there is a missing 'uninstall' script in one package with this error:Unpacking openmpi-common (3.1.3-9) over (3.1.3-5) ...
rm: cannot remove '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/fortran/gfortran-8#': No such file or directory
rm: cannot remove 'End': No such file or directory
rm: cannot remove 'automatically': No such file or directory
rm: cannot remove 'added': No such file or directory
rm: cannot remove 'section': No such file or directory
dpkg: warning: old openmpi-common package post-removal script subprocess returned error exit status 1
dpkg: trying script from the new package instead ...
dpkg: error processing archive /var/cache/apt/archives/openmpi-common_3.1.3-9_all.deb (--unpack):
there is no script in the new version of the package - giving up
Truly I only have the roughest idea that openmpi is some sort of coding tool? which I would have No Need Of in this lifetime :)
Thanis for your response
Ralph
Hi rumbarger, have a look here
https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=918000
Hello,
Indeed the info is in the Debian bug report.
But you have to edit 2 files manually and add the missing spaces :
openmpi-common.postrm
libopenmpi3:amd64.postrm
After the corrections the update went fine for me
Bruno
I have a KDE amd64 desktop. If I try to full-upgrade, I get:
The following additional packages will be installed:
libopenmpi3 openmpi-common
The following packages will be upgraded:
libopenmpi3 openmpi-common
2 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 359 not upgraded.
822 not fully installed or removed.
Need to get 0 B/2,338 kB of archives.
After this operation, 16.4 kB disk space will be freed.
Do you want to continue? [Y/n] y
Reading changelogs... Done
(Reading database ... 736393 files and directories currently installed.)
Preparing to unpack .../libopenmpi3_3.1.3-9_amd64.deb ...
Unpacking libopenmpi3:amd64 (3.1.3-9) over (3.1.3-5) ...
rm: cannot remove '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/fortran/gfortran-8#': No such file or directory
rm: cannot remove 'End': No such file or directory
rm: cannot remove 'automatically': No such file or directory
rm: cannot remove 'added': No such file or directory
rm: cannot remove 'section': No such file or directory
dpkg: warning: old libopenmpi3:amd64 package post-removal script subprocess returned error exit status 1
dpkg: trying script from the new package instead ...
dpkg: error processing archive /var/cache/apt/archives/libopenmpi3_3.1.3-9_amd64.deb (--unpack):
there is no script in the new version of the package - giving up
Preparing to unpack .../openmpi-common_3.1.3-9_all.deb ...
Unpacking openmpi-common (3.1.3-9) over (3.1.3-5) ...
rm: cannot remove '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/fortran/gfortran-8#': No such file or directory
rm: cannot remove 'End': No such file or directory
rm: cannot remove 'automatically': No such file or directory
rm: cannot remove 'added': No such file or directory
rm: cannot remove 'section': No such file or directory
dpkg: warning: old openmpi-common package post-removal script subprocess returned error exit status 1
dpkg: trying script from the new package instead ...
dpkg: error processing archive /var/cache/apt/archives/openmpi-common_3.1.3-9_all.deb (--unpack):
there is no script in the new version of the package - giving up
Errors were encountered while processing:
/var/cache/apt/archives/libopenmpi3_3.1.3-9_amd64.deb
/var/cache/apt/archives/openmpi-common_3.1.3-9_all.deb
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)
This is related to the subject of this thread. I would like to have explicit instructions to change the post-removal scripts so as to add the missing spaces brutor mentioned in a former post. I tried to understand the directions in the bug report quoted by piper, but without success...
Regards
why is openmpi needed?
As per piper's conversation in the #siduction irc-chat, I was able to edit the libopenmpi3:amd64.postrm and openmpi-common.postrm files, in the directory /var/lib/dpkg/info, inserting a space right before:
# End automatically added section
in their last lines.
After that apt full-upgrade seems to be working again; at least there are no more errors issued (I have not fully executed it yet because of the current issues with KDE upgrading...)
Thanks piper!!
orca - congrats, my friend - you have repaired a totally useless package
root@bruno-pc:/# apt-cache rdepends openmpi-bin
openmpi-bin
Reverse Depends:
libopenmpi-dev
open-coarrays-bin
libopenmpi2
libcoarrays-openmpi-dev
gromacs-openmpi
yorick-mpy-openmpi
tree-ppuzzle
relion-bin+mpi+gui
relion-bin+mpi
python3-escript-mpi
python-escript-mpi
phyml
openmpi-bin
libopenmpi3
gromacs-openmpi
libopenmpi-dev
libcoarrays-openmpi-dev
netpipe-openmpi
mpi-default-bin
meep-openmpi
abyss
garli-mpi
examl
|science-nanoscale-physics
science-distributedcomputing
ampliconnoise
Bruno
If anyone doesn't need/want this package period, just do
apt purge libopenmpi.
Don't forget the period
That *should purge
libcaf-openmpi-3 libcoarrays-openmpi-dev libopenmpi-dev libopenmpi3 openmpi-bin
Then do
apt autoremove
This *should remove
libfabric1 libhwloc-dev libhwloc-plugins libhwloc5 libibverbs-dev libnl-3-dev libnl-route-3-dev libnuma-dev libpmix2 libpsm-infinipath1 libpsm2-2 librdmacm1 openmpi-common
EDIT: I removed the oneliner, as it really wasn't a one liner ;)
@brutor - aggreed, that are all wide spreaded desktop applications
Edit: Upps, forgot the sarcsasm tags
As others noted above, your information has solved my problem:
In /var.lib/dpkg/info/ the
openmpi-common,postrmlibopenmpi3:amd64.postrm
file had a non-separated comment tag. Adding a <cr> and then running apt --fix-broken install seems to have cleared up my errors.
Thanks for your assistance - now I might be able to purge (didn't know about the period last time I tried that).
OK HOW DO I FIX IT/REMOVE IT??? THIS THREAD IS JAM-PACKED WITH SHIT AND THERE'S NO CLEAR ANSWER!!!
Earlier in the thread, one of those german fellas fixed the issue but it doesn't make any sense ("The clearly marked script?" theres like a billion scripts all related to OpenMPI and none of them are "clearly marked" as the right one to edit)
I am sure I speak for all of us.
____
OK WIE FIXE ICH IT / ENTFERNEN ??? DIESES GEWINN IST MIT SHIT JAM-PACKED UND OHNE KLARE ANTWORT !!!
Früher im Thread hat einer dieser deutschen Burschen das Problem behoben, aber es macht keinen Sinn ("Das eindeutig gekennzeichnete Skript?" eine zu bearbeiten)
Ich bin sicher, ich spreche für uns alle.
and I'm dead sure that i don't like your tone - so you have three choices:
* just go away, reading and understanding seems to be none of your favorite skills
* read again and understand the solution
* just purge this damn package.
It's really up to you - no spoonfeeding here - and i dead sure also that i will ban you if you behave like this again. BTW: it should be fixed - if not file a debian bug:
#915025 [S| |☺] [libopenmpi-dev] libopenmpi-dev: fails to upgrade from 'stretch': new libopenmpi-dev package pre-installation script subprocess returned error exit status 2
#918000 [S| |☺] [libopenmpi3] openmpi postinst failure due to missing space in script
BTW: if an old script is buggy, apt should use the script from the current package - if that don't work, the solution is dead simple. just put an "exit 0" into the script directly after the first line. Thats all, nothing to see here.
Another hint might be: One can find these scripts in /var/lib/dpkg/info/
@geklmintendont : like melmarker, I don't like your tone either !!!
But for this time I will try to give a summary of the information :
The problem is reported in at least 3 debian bugs : 918000, 915025 and 916890.
The real problem (missing space) is explained in bug 918000:
❯❯❯❯ cat /var/lib/dpkg/info/libopenmpi3:amd64.postrm | tail -n1
[ -d /usr/lib/$multiarch/fortran/$base ] && rm /usr/lib/$multiarch/fortran/$cmplr# End automatically added section
^missing space here
If you want to keep openmpi, you have to edit manually 2 files and add the missing spaces :
openmpi-common.postrm
libopenmpi3:amd64.postrm
As melmarker said, they are in /var/lib/dpkg/info/
Or perhaps have a look at the debian maintainers comment in :
https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=916890#65 (https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=916890#65)
BTW, I'm no Linux expert at all, but have been able to solve this issue rather quickly with a little DuckDuckGo and some debian bug searches.
And I'm sure you did NOT speak for all of us !